安庆市环境保护局设6个内设机构。
    （一）办公室
    协助处理局机关日常工作；综合协调机关政务；负责综合性文件起草和重要会议的组织安排；负责机关文秘、保密、档案、信访、政务信息、政务公开、离退休人员的服务管理等工作；组织编制全市环境功能区划、环境保护规划；协调、审核环境保护专项治理投资规划；管理市级环境保护基本建设投资和环境保护污染治理投资计划与市级排污费使用计划；监督检查环境保护基本建设与环境保护投资项目的实施情况；组织实施环境监测、环境监察、环境信息和环保宣传教育等能力建设；监督管理机关、直属单位财务、国有资产；负责内部审计工作。
    （二）污染物排放总量控制科
    拟订市主要污染物排放总量控制制度并组织实施，组织实施排污许可证制度；提出总量控制计划；考核总量减排情况；承担环境统计和污染源普查工作；督查、督办、核查全市污染物减排任务完成情况。
    （三）行政许可科（环境影响评价科）
    承担建设项目环境影响评价文件审批；污染防治设施拆除关闭或闲置许可；污染物排放许可；危险废物（含医疗废物）转移许可；夜间施工审批；危险废物经营、进口许可初审；从事生产销售使用、转让放射源（放射性材料）和射线装置安全许可初审等行政许可工作。
    拟订并组织实施辖区内开发建设活动的环境影响评价、环保“三同时”等环境管理制度和措施；组织环境影响回顾性评价和区域环境影响评价；负责市审批的建设项目竣工环境保护验收工作；监督管理环境影响评价机构资质和相关从业人员职业资格。
    （四）污染防治科
    拟订和组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等的污染防治规定；组织实施污染限期治理和达标排放、危险废弃物经营许可、有毒化学品进口登记等环境管理制度；组织编制环境功能区划，组织拟订和实施重点流域、重点区域污染防治规划；指导和协调解决名地、各部门以及跨地区、跨流域的重大环境问题，调查处理重大环境污染事故；负责全市环境监测的组织工作；组织制定地方性环境监测制度和规范；调查评估全市环境质量现状并进行预测预警；承担全市环境监测网和环境信息网建设和管理的有关工作；组织编制全市环境状况公报；组织实施环境应急监测工作；承担全市核安全、辐射安全，放射性废物等有关管理工作；承担核事故、辐射环境事故应急相关工作；对核设施安全、放射源安全和电磁辐射，核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中污染防治实施监督管理。
    （五）自然生态保护科
    组织编制自然保护区建设规划，提出新建国家自然保护区和省级自然保护区的申报工作；监督自然资源开发活动中的环境保护工作；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护工作。组织开展生物多样性保护、生物遗传资源保护和管理工作；负责农村环境保护工作；开展全市生态状况评估。
    （六）宣传法制科
    组织起草有关环境保护规范性文件草案；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；组织环境保护行政处罚；负责行政复议、行政应诉等工作；负责组织实施政府环保目标责任制工作；组织开展全市环境执法检查工作；贯彻落实环境保护宣传教育纲要，组织开展生态文明建设和环境友好型社会的宣传教育工作；推动社会公众和社会组织参与环境保护；承担市局新闻审核和发布工作。
    机关党总支负责机关和直属单位的党群工作；负责局机关和直属单位的机构编制、人事管理；负责环保专业技术职称审核；负责劳动工资